Tiago Monteiro tinha feito o 20º tempo da terceira e última sessão de treinos, mas uma penalização a cinco pilotos fez o português trepar quatro posições na grelha de partida, pelo que vai sair da 16ª posição, que fica na oitava linha, logo atrás do companheiro da Midland-Toyota, o holandês Christijan Albers. O italiano Giancarlo Fisichela foi o mais beneficiado com as penalizações, acabando por subir à pole position depois de ter conseguido apenas o terceiro tempo na última sessão de treinos.
Os responsáveis pelo Grande Prémio da Malásia penalizaram Michael Schumacher (Ferrari), Ralf Schumacher (Toyota), David Coulthard (Red Bull-Ferrari), Rubens Barrichello (Honda) e Felipe Massa (Ferrari) por terem trocado os respectivos motores antes ou durante a qualificação, pelo que o primeiro caiu para a 11ª posição, ainda à frente de Tiago Monteiro, enquanto os outros quatro foram relegados para os últimos lugares da grelha de partida.