A eliminatória decidiu-se na segunda parte, com os golos que faltaram na primeira a trazer emoção ao desafio: Ibagaza, aos 49 minutos, inaugurou o marcador a favor dos visitantes, contudo, logo a seguir, aos 55, Mantzios igualou, na sequência de um canto de Karagounis.

A 20 minutos do fim, Llorente, que entrou após o intervalo, assegurou a vitória do Villarreal, após assistência de Ibaganza, e a continuidade em prova pela segunda vez na história do clube espanhol.