15/09/1999: Na jornada inaugural da Liga dos Campeões da época 1999/00, Vítor Baía choca com um adversário, na Noruega, na vitória com o Molde (1-0) e magoa-se no joelho direito. Era o princípio de mais uma lesão nos joelhos.

30/09/1999: É noticiada uma nova lesão no joelho direito, um dia depois de o F.C. Porto ter defrontado o Real Madrid, na capital espanhola, onde Vítor Baía fez uma exibição soberba na derrota por 3-1.

10/10/1999: É o capitão no jogo entre a selecção portuguesa e a congénere húngara (3-0), no Estádio da Luz, onde a equipa das quinas garante o apuramento para o Euro-2000. Vítor Baía actua diminuído fisicamente, mas alinha durante os 90 minutos.

08/12/1999: No desafio com o Hertha de Berlim (1-0), não resiste ao esforço de uma lesão que se arrasta e vai debilitando o joelho direito. É substituído por Hilário aos 73 minutos.

11/12/1999: O pior cenário não consegue ser evitado. Vítor Baía é operado à rotura no menisco do joelho direito. É a segunda intervenção cirúrgica da sua carreira.

09/02/2000: Regressa à competição dois meses depois. No Estádio das Antas defronta o Fafe (3-0), em jogo a contar para os quartos-de-final da Taça de Portugal. Teste superado.

16/02/2000: Nova paragem forçada. Desta vez, por causa de um edema no joelho direito. Mais um revés de quem dava indicadores de estar a recuperar.

15/03/2000: Volta a pisar os relvados. Vítor Baía defronta o Sparta de Praga (2-2), em jogo da segunda fase da Liga dos Campeões. Dá sinais de recuperação total.

29/03/2000: É aconselhado a parar de competir durante um mês, depois de ter sido observado pelo prestigiado cirurgião Popovic.

11/04/2000: Vítor Baía desloca-se à Bélgica, onde lhe será feita uma artroscopia ao joelho direito. A terceira intervenção cirúrgica da sua carreira e a segunda ao joelho direito. A operação é da responsabilidade de Popovic.