O nome do Benfica e também de Luís Filipe Vieira surgem em vários casos judiciais.
Entre eles o E-toupeira, Mala Ciao, o caso dos vouchers passando pela Operação Lex.
O mais recente que envolve o presidente do Benfica é na investigação a Joe Berardo, onde uma empresa de Vieira surge uma das maiores devedoras da caixa geral de depósitos.