A confusão que se instalou na Série D da II Divisão acaba também por levantar questões sobre o futuro das equipas B. A Federação Portuguesa de Futebol decidiu que esta época, no caso de uma formação secundária descer de divisão, uma outra equipa extra seria igualmente despromovida. Uma medida pensada de forma a assegurar os quadros competitivos para 2007-2008, ano em que está prevista a extinção das equipas B.
O futuro é, no entanto, ainda uma incógnita. Apesar de os campeonatos estarem já a ser condicionados por esse provável fim das formações secundárias, o que é certo é que ainda não ninguém sabe qual vai ser a solução encontrada pelos dirigentes federativos para essas equipas, ainda que se fale na possibilidade da criação de um campeonato de sub-21.
João Santos, treinador da segunda equipa do Benfica, não esconde alguma preocupação, motivada pela incerteza no futuro, e considera que «o futuro do Benfica B e de outras equipas secundárias está em dúvida». O técnico lamenta que Portugal se esteja a preparar para dar mais um passo atrás no que diz respeito à formação: «Noutros países aposta-se cada vez mais na formação e nas equipas B. Aqui acaba-se com isso. Não sei o que a federação quer fazer em relação aos jovens».